17 % der Fläche von Ecuador sind Nationalparks und Naturschutzgebiete (46.190 km²).
Die Nationalparks Galapagos und Sangay wurden von der UNESCO zum Weltnaturerbe erklärt.

Yasuní Nationalpark
Der Nationalpark Yasuní liegt in der Provinz Napo und wurde 1979 geschaffen. Er ist mit fast 1 Million Hektar der grösste Nationalpark in Ecuador und liegt in einer wichtigen bio-geographischen Region, in der sich endemische Pflanzen und Tiere seit dem Pleistozän (20'000 v.Chr.) bewahrt haben. Gemäss der UNESCO konnten mehr als 700 Arten bestimmt werden, 500 Vögel und 200 andere Tierarten. Die überaus artenreiche Fauna und Flora dieser Gegend garantieren ein grossartiges Wildlife-Erlebnis. Hier besteht auch die Möglichkeit zur Kontaktaufnahme mit den ansässigen Huaorani-Indianern, die zusammen mit Umweltschutzorganisationen eine kontroverse Auseinandersetzung gegen die Erdölförderung in ihren Territorien führen.

Llanganates Nationalpark
Dieser Park birgt eine der sonderbarsten und unwegsamsten Landschaften Ecuadors mit rauem Moorland, tief eingeschnittenen Tälern, Flüssen, Seen und unzähligen Wasserfällen. Der Park ist mehrheitlich bedeckt von dichter Vegetation, das Wetter ist regnerisch und kalt. Cerro Hermoso (4571m) ist der höchste Berg in der Region.

Sumaco-Napo- Galeras Nationalpark
Auf einer Fläche von 2052 km² erstreckt sich dieser National Park von 3900m auf 600m über verschiedene Ökosysteme, vom Hochgebirge über den Bergnebelwald bis hin zum tropischen Regenwald. Der Napo-Galeras Gebirgszug hat mehrere Bäche und Flüsse, die in tiefen Schluchten verlaufen. Der Sumaco Vulkan (3900m) ist umgeben von tropischem Regenwald und steht abseits vom Massiv der Anden. Dieser Nationalpark ist reich an Tierarten aus dem tropischen Regenwald und dem feuchten Bergnebelwald: Brillenbär, verschiedene Arten von Fledermäusen, Marder, Gürteltier, Adler, Auerhahn, Felsenhahn und viele Arten von Reptilien und Amphibien. Die häufigsten Baumarten sind neben vielen anderen Cedrela, Lorbeer und Kautschuk. Einheimische, der Quichua Sprachgruppe zugehörige indianische Kommunen, siedeln in den Randgebieten dieses Nationalparks, in dessen unmittelbarer Nähe auch archäologische Fundstätten der Cosanga Kultur zu finden sind.

Podocarpus Nationalpark
Liegt in den Provinzen Loja und Zamora-Chinchipe. Ausdehnung: 1422 km². Dieser Nationalpark liegt in den zwei klimatischen Zonen Urwald und Hochland und weist eine grosse Pflanzen- und Vogelvielfalt auf. Hier findet man neben den wunderbarsten Orchideen auch Bären, Pumas, Kolibris, Tucane, Spechte und Reptilien. Es ist der ideale Ort für botanische, ökologische und zoologische Forschung. Wer gerne lange Wanderungen unternimmt und es dabei geniesst, dem Vogelgezwitscher, dem Plätschern der Bäche und dem Tosen der Wasserfälle zu lauschen, sollte das Erlebnis Podocarpus auf keinen Fall verpassen.

Sangay Nationalpark
Der Nationalpark Sangay liegt im Grenzgebiet der drei Provinzen Tungurahua, Chimborazo und Morona Santiago. Fläche: 2718 km². Auf der Panamericana gelangt man erst nach Riobamba, von dort dann zum Nationalparkeingang nach Alao.
Im dortigen Verwaltungsgebäude gibt's bescheidene Touristen Information, Auskunft über Anmarschwege für Bergsteiger, Pferde- und Tragtierverleih usw.. Drei wichtige Berge liegen in diesem Park: Sangay (5230m), Altar (5404m) und Tungurahua (5016m). Diese Berge bieten dem Wanderer, Trekker und Bergsteiger unzählige Möglichkeiten sich zu vergnügen.

Cotopaxi Nationalpark
Der Nationalpark Cotopaxi, benannt nach dem höchsten, aktiven schneebedeckten Vulkan der Erde (Cotopaxi, 5897m) liegt 60km südlich von Quito und ist in ungefähr einer Stunde Fahrzeit erreichbar. Er bedeckt auf einer Höhenlage von zwischen 3400m und 5897m eine Fläche von knapp 340 km². Der Vulkan Cotopaxi selbst ist die wichtigste Attraktion dieses Parks. Bergsteiger und Abenteurer aus aller Welt werden von ihm angezogen, zusammen mit vielen Touristen, die mit Genugtuung und abhängig von der Akklimatisierung und dem bergsteigerischen Können mehr oder weniger grosse Höhen erreichen. Die gewaltige Ebene, die den Vulkan umringt, bietet eine wunderschöne Landschaft mit ausserordentlichen geologischen Bedingungen, sowie verschiedenartiger Tier- und Pflanzenwelt. Hier sind Hirsch, Puma, Condor, Wildpferde und Lama zu Hause. Der Limpiopungo See in der Nähe des Rumiñahui Vulkans (4723m), ist der nächste Stopp. Er ist umgeben von einer grossen Ebene in der es auch einige Zeltplätze gibt.
Die Ruinen von Pucara sind eine vorspanische Inka-Festung, die ebenfalls besucht werden sollte. Die drei erwähnten Ziele sind nah beieinander und es sollte keine Schwierigkeiten bereiten, sie alle an einem Tag zu besuchen. Am Fusse des Cotopaxi werden Sie auch einen von Tupac Yupanqui im 15. Jahrhundert gebauten Inka Palast finden, er wurde im 17. Jahrhundert vom Augustiner Orden in ein Kloster umgewandelt.

Cajas Nationalpark
Dieser Nationalpark liegt nur 34km von Cuenca entfernt, auf einer Höhe von 3000m bis 3500m. Das Gebiet von 288 km² besteht aus Bergen und 232 Seen, die glazialen Ursprung haben und miteinander durch kleine Flüsse und Bäche in Verbindung stehen. Zwei der Flüsse, die Cuenca umfließen, der Rio Tomebamba und der Rio Yanuncay, entspringen hier. Der Park ist Lebensraum von Säugetieren wie Weissschwanz-Hirschen, Brillen-Bären, Pumas, Paramo-Hirschen, Paramo-Kaninchen und Anden-Tapiren. Als die wichtigsten Vogelarten können wir Caracara, Condor, Anden-Tucan und Brillen-Ente nennen.

Machalilla Nationalpark
Liegt in der Provinz Manabi. Ausdehnung: 550 km². Dieser Park ist benannt nach der Kultur, welche hier zwischen 1800 und 1500 vor Christi blühte. Sehenswert sind hier großartige landschaftliche Szenarien die aus Buchten, Steilküsten, kilometerlangen Stränden und Wäldern bestehen, die einen hohen Erholungswert bieten und wissenschaftlich attraktiv sind. Machalilla hat seinen speziellen Reiz, zu nennen sind die Isla de la Plata vor der Küste von Puerto Lopez, der Strand von Los Frailes, der archäologische Fundort von Agua Blanca, Salango und die Strände von Puerto Rico und Puerto Cayo. Verpassen Sie Los Frailes nicht, wo Sie in den trockenen Küstenwald eintauchen und gleichzeitig wunderschöne Strände genießen können. In Isla de la Plata haben Sie die Chance Blaufusstölpel, Fregattvögel sowie ein erstaunliches Seeleben zu sehen. In den Monaten Juni bis September bietet der Machalilla National Park einen besonderen Höhepunkt, viele Wale kommen in die küstennahen Gewässer um sich zu paaren und können manchmal sogar vom Ufer aus gesichtet werden.

Neben diesen Nationalparks, verfügt Ecuador über 17 Naturschutzgebiete und andere wichtige private Schutzgebiete und - Zonen.